在明確了人力資源歸誰所有和為誰所用后，要進一步解決人力資源由誰支配的問題。從而建立科學合理的企業人力資源管理體系。
正如前面指出的，企業中的員工能力受到兩重制約，一是員工的意志，二是企業的要求。這是兩種不同的支配權，二者之間可能發生矛盾和沖突。只有理順兩重支配權的關系，建立良性的互動方式，才能有效地利用和開發人力資源。
兩重支配權的關系，來自人力資源權益的雙重歸屬，通過企業管理制度來統一。企業人力資源管理的基本思路，在于根據生產經營活動的客觀規律，建立合理的分工協作秩序，通過企業成員之間責權利關系的處理，調動員工的工作積極性與主動性，使兩重支配權的運作目標一致。
在此過程中，責權利關系的處理是關鍵環節，其中責任問題是首要問題。進行人力資源管理，首先要明確員工對誰承擔責任，承擔什么責任。這是因為，企業作為有計劃的生產經營體系，依靠命令服從關系協調分工協作秩序，以下級服從上級的原則實現企業成員的統一行動。因此人力資源由誰支配的問題，也就是命令服從關系如何落實到每個員工的問題，以及員工如何在命令服從關系中發揮主觀能動性做好工作的。
對此可以這樣理解:在企業組織中，每個員工都具有一定的職位，一方面必須執行或向下落實上級的工作指令，另一方面必須結合具體情況選擇合適的工作辦法。因此人力資源的支配權，體現為企業成員的責權隸屬關系和行為自主權的互動關系。其中在組織層級中地位越高的企業成員，管理的下屬員工越多，對于人力資源的組織支配權也就越大。但這種組織支配權必須得到下級認同才有實際效率。企業組織的科層結構和企業成員的行為選擇相結合，形成企業的人力資源管理體系。
關于企業人力資源的支配權問題，要特別注意經營管理者的特殊地位。一方面，經營管理者是企業組織的代表，管理和支配著下屬員工;另一方面，經營管理者本身也是員工，而且是企業的核心員工。因此，在經營管理者身上，體現著企業人力資源支配權的多重內容。他既要從企業整體利益出發，進行人力資源管理;又會從自身利益出發，進行人力資源利用。因此企業人力資源管理的改進，關鍵在于處理好經營管理者的人力資源支配權問題。